Приготовившись, по церковному уставу, к совершению Литургии, священник и диакон читают пред закрытыми царскими вратами так называемые «входные» молитвы и облачаются в алтаре в священные одежды. Подойдя, затем, к жертвеннику, священник, благословив начало проскомидии, берет первую (агничную) просфору и копием делает на ней трижды изображение креста, произнося: «В воспоминание Господа и Бога, и Спаса нашего Иисуса Христа». Это значит проскомидия совершается по заповеди Иисуса Христа. Из этой просфоры священник копием вырезает средину в форме куба с произнесением слов прор. Исаии: «Яко (как) овча на заколение ведеся, и яко Агнец непорочен, прямо стригущаго его безгласен, тако не отверзает уст Своих; во смирении Его суд Его взятся; род же Его кто исповесть; яко вземлется от земли живот (жизнь) Его» (Ис. 53, 7-8). Эта кубическая часть просфоры называется Агнцем (Иоан. 1, 29) и полагается на дискос. Затем, священник крестообразно надрезает с нижней стороны Агнец с произношением слов: «Жрется (приносится в жертву) Агнец Божий, вземляй (взявший на Себя) грех мира, за мирский живот (жизнь) и спасение», и прободает правую сторону Агнца копием, произнося слова евангелиста: «един от воин копием ребра Ему прободе и абие (тотчас) изыде кровь и вода; и видевый свидетельства и истинно есть свидетельство его» (Ин. 19, 34); сообразно с этими словами в чашу (потир) вливается вино, смешанное с водою.
Из второй просфоры, называемой «богородичною», священник вынимает одну частицу в честь Божией Матери и полагает ее по правую сторону Агнца на дискосе. Из третьей просфоры, называемой «девятичинной», вынимается девять частиц в честь святых: Иоанна Крестителя, пророков, апостолов, святителей, мучеников, преподобных, бессребреников, Богоотец Иоакима и Анны, святых, чья память совершается в нынешний день, и того святителя, имени которого совершается Литургия; эти части полагаются по левую сторону Агнца на дискосе, по три частицы в ряд. Из четвертой просфоры вынимаются частицы за живых и полагаются ниже Агнца на дискосе; из пятой — за умерших и полагаются ниже частиц, вынутых за живых. Наконец вынимаются частицы из просфор, подаваемых верующими; одновременно прочитываются соответствующие «поминания» о здравии и спасении живых и об упокоении усопших рабов Божиих; частицы из этих просфор полагаются вместе с частицами, вынутыми из четвертой и пятой просфор.
В конце проскомидии священник благословляет кадило с фимиамом и, покадив звездицу, ставит ее на дискосе над Агнцем и частицами, чтобы сохранить их в положенном порядке, покрывает дискос и потир двумя небольшими покровцами и поверх них еще одним, несколько больших размеров, называемым «воздухом», кадит пред Дарами и молит Господа благословить предложенные Дары, помянуть принесших эти Дары и тех, за кого они принесены, самого же его соделать достойным для священнодействия божественных Таин.
Применяемые на проскомидии священные предметы и совершаемые действия имеют символическое значение: дискос знаменует и вифлеемскую пещеру и Голгофу; звездица — вифлеемскую звезду и крест; покровы — пелены рождественские, пелены и плащаницу, бывшие во гробе Спасителя; потир — ту Чашу, в которой священнодействовал Иисус Христос; приготовление Агнца — суд, страдания и смерть Иисуса Христа, а прободение его копием — прободение, сделанное одним из воинов на Теле Спасителя. Соединение всех частиц в известном порядке на дискосе означает всю Церковь Божию, членами которой состоят Божия Матерь, ангелы, все святые угодники Божий, все верующие христиане — живые и умершие, а Главою ее Сам Господь наш Спаситель. Каждение знаменует осенение Св. Духа, благодать Которого сообщается в таинстве Св. Причащения.
Проскомидия совершается священником на жертвеннике, при закрытом алтаре, вполголоса. Завершается она, когда на клиросе читаются 3-й и 6-й (а иногда и 9-й) часы по Часослову.